Segmentare con OsiriX

OsiriX è un software per image processing dedicato alle immagini DICOM prodotte da attrezzature per la medicina (MRI, CT, PET, PET-CT, ...) e per la microscopia confocale.

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Segmentare con OsiriX

Messaggioda Atendoro » 15/03/2011, 12:35

Buongiorno.

Sono un utente di OsiriX da circa tre anni ma solo recentemente, seguendo con attenzione i tutorial in rete, ho realizzato le notevoli possibilità del programma. Lavoro in campo medico e mi risulterebbe assai utile poter segmentare il parenchima polmonare rappresentato in una TC. Ho fatto vari tentativi (seguendo i tutorial di cui sopra) ma pur inserendo gli stessi parametri non riesco ad ottenere una segmentazione uguale. In soldoni avrei bisogno di comprendere un solo polmone senza bronchi e laringe. Negli esempi mostrati l'operatore riesce. Io invece non riesco ad evitare che siano presi i due polmoni, bronchi e laringe.
Qualcuno mi sa illuminare su come fare? E, aggiungo, mi sapete spiegare come "funzionano" gli algoritmi di confidenza e vicinanza e quando è opportuno utilizzarli?
Grazie anticipatamente per la collaborazione
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Re: Segmentare con OsiriX

Messaggioda osirangelo » 22/03/2011, 5:59

la descrizione delle funzioni, con delle immagini molto significative le trovi
http://www.scribd.com/doc/22674645/Osir ... ion-Plugin

http://campar.in.tum.de/twiki/pub/Stude ... tation.pdf

il plug devi collegarti alla facolta di ingegneria di monaco

http://campar.in.tum.de/Students/SepOsiriXSegmentation

in fondo alla pagina troverai tutta la documentazioe ed il plug

http://campar.in.tum.de/twiki/pub/Stude ... _1.0.1.zip

fammi sapere qualcosa

francesco

un'immagine presa dalla tesi molto esplicativa

Immagine
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Re: Segmentare con OsiriX

Messaggioda Atendoro » 10/06/2011, 12:42

Ritorno alla carica sull'argomento. Grazie ai buoni consigli dati e ad un pò di letture sono riuscito ad ottenere buone segmentazioni. Il problema adesso è dimostrarlo. Per farlo dovrei calcolare la curtosi e simmetria associate all'istogramma dei pixel contenuti nella ROI stessa. Mi potete suggerire come fare ad esportare i dati grezzi (ossia il numero di pixel con una densità compresa in un certo intervallo di valori HU)?

Grazie ancora per la disponibilità

PS non appena sistemata questa (e qualche altra) faccenda vi mostrerò, sempre che interessi, come fare una segmentazione di un organo o tessuto prescelto in modo praticamente automatico.
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